La historia cuenta que el clérigo español Fray Tomás de Berlanga, Obispo de Panamá, descubrió el archipiélago el 10 de marzo del 1535 por casualidad. Sin embargo, la tradición dice que el verdadero descubridor fue el Inca Tupac-Yupanqui. Es posible que el organizara una expedición a las islas en el año 1400. También las cerámicas que se encontraron en las islas tienen las mismas características como las que se encontraron en Manta y en Santa Elena al continente. Durante el período colonial, el archipiélago pertenecía a España y los marineros que visitaban las islas, las llamaban "Islas Encantadas". El coronel Ignacio Hernández les dio a las islas el nombre "Archipiélago de Galápagos". Las Islas Galápagos fueron añadidos al territorio ecuatoriano el 12 de febrero de 1832, bajo la presidencia de Juan José Flores. Cuando el gobierno afirmó las islas, regalaron la Isla Floreana a un oficial local como recompensa por su valentía. Llevó 80 personas a la isla y las esclavizó hasta el momento que rebelaron. En la Isla San Cristóbal se construyó un penal en 1880. Los prisioneros tuvieron que trabajar muy duro en las islas desiertas y fueron dejados allí para sufrir sed y adversidad como sanción por faltar al trabajo.

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